煤炭：巨野煤田总地质储量为55.7亿吨，是华东地区最后一块且储量最大的优质整装煤田。主采煤层为气煤，1/3礁煤，肥煤，属低灰、特低硫、高挥发份、高发热量、高粘结性、高结礁性、优质富油煤，可作炼焦煤和良好的动力煤及、液化煤，发展潜力巨大。

山东巨野国信生物蛋白公司2007年投入资金3700万元进行技术改造 ，改造完成后生物蛋白生产线等核心设备全部使用清华紫光专利技术（专利号00134520.6）和国信公司专利技术，主导产品脱酚棉蛋白含量高于大豆蛋白5-10%，与传统高温蒸炒工艺生产的棉粕相比，避免了蛋白质变性和氨基酸破坏，是蛋白饲料的上好原料，附加值高，市场前景十分广阔。 公司与中国科学院、山东省科学院签订了全面合作协议，建立了联合实验室和生物技术中心和产业化基地，共同开发的棉酚提纯技术已取得阶段性成果，提取的棉酚纯度已达到国内领先水平。从棉清油中提取的二氢吡啶、甾醇、维生素E、甘油等产品品质国内领先，投放市场后受到好评。韩国BIG公司和山东省科学院以该公司的生物蛋白为原料联合研制的低聚糖、赖氨酸生物有机肥有望填补国内空白。

       大谢集镇是鲁西南重要的大蒜生产基地。2005年，被省农业厅认定为绿色无公害优质大蒜基地。全镇56家大蒜保鲜、加工出口企业主要以大蒜深加工为主，其中拥有自营进出口权的企业6家，大蒜保鲜恒温库32家，年可储存大蒜7万吨。佳农公司是大蒜加工企业的龙头企业、巨野县最大的出口创汇企业、菏泽市第三大出口创汇企业。坤达公司、珍润公司等大蒜深加工企业，年可加工蒜干1000吨，其主导产品蒜粒、蒜粉，品种繁多，规格齐全。蒜已销往上海、天津、青岛、合肥、广东等十几个省市，并出口美国、加拿大、德国、巴西、新加坡、日本、韩国、香港等二十几个国家和地区，深受中外客商的好评。2007年度全镇大蒜加工出口企业共实现出口创汇6000多万美元。